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[hal-04867516] Fungal Planet description sheets: 1383–1435
<div><p>Novel species of fungi described in this study include those from various countries as follows: Australia, Agaricus albofoetidus, Agaricus aureoelephanti and Agaricus parviumbrus on soil, Fusarium ramsdenii from stem cankers of Araucaria cunninghamii, Keissleriella sporoboli from stem of Sporobolus natalensis, Leptosphaerulina queenslandica and Pestalotiopsis chiaroscuro from leaves of Sporobolus natalensis, Serendipita petricolae as endophyte from roots of Eriochilus petricola, Stagonospora tauntonensis from stem of Sporobolus natalensis, Teratosphaeria carnegiei from leaves of Eucalyptus grandis × E. camaldulensis and Wongia ficherai from roots of Eragrostis curvula. Canada, Lulworthia fundyensis from intertidal wood and Newbrunswickomyces abietophilus (incl. Newbrunswickomyces gen. nov.) on buds of Abies balsamea. Czech Republic, Geosmithia funiculosa from a bark beetle gallery on Ulmus minor and Neoherpotrichiella juglandicola (incl. Neoherpotrichiella gen. nov.) from wood of Juglans regia. France, Aspergillus rouenensis and Neoacrodontium gallica (incl. Neoacrodontium gen. nov.) from bore dust of Xestobium rufovillosum feeding on Quercus wood, Endoradiciella communis (incl. Endo radiciella gen. nov.) endophytic in roots of Microthlaspi perfoliatum and Entoloma simulans on soil. India, Amanita konajensis on soil and Keithomyces indicus from soil. Israel, Microascus rothbergiorum from Stylophora pistillata. Italy, Calonarius ligusticus on soil. Netherlands, Appendopyricularia juncicola (incl. Appendopyricularia gen. nov.), Eriospora juncicola and Tetraploa juncicola on dead culms of Juncus effusus, Gonatophragmium physciae on Physcia caesia and Paracosmospora physciae (incl. Paracosmospora gen. nov.) on Physcia tenella, Myrmecridium phragmitigenum on dead culm of Phragmites australis, Neochalara lolae on stems of Pteridium aquilinum, Niesslia nieuwwulvenica on dead culm of undetermined Poaceae, Nothodevriesia narthecii (incl. Nothodevriesia gen. nov.) on dead leaves of Narthecium ossifragum and Parastenospora pini (incl. Parastenospora gen. nov.) on dead twigs of Pinus sylvestris. Norway, Verticillium bjoernoeyanum from sand grains attached to a piece of driftwood on a sandy beach. Portugal, Collybiopsis cimrmanii on the base of living Quercus ilex and amongst dead leaves of Laurus and herbs. South Africa, Paraproliferophorum hyphaenes (incl. Paraproliferophorum gen. nov.) on living leaves of Hyphaene sp. and Saccothecium widdringtoniae on twigs of Widdringtonia wallichii. Spain, Cortinarius dryosalor on soil, Cyphellophora endoradicis endophytic in roots of Microthlaspi perfoliatum, Geoglossum lauri silvae on soil, Leptographium gemmatum from fluvial sediments, Physalacria auricularioides from a dead twig of Castanea sativa, Terfezia bertae and Tuber davidlopezii in soil. Sweden, Alpova larskersii, Inocybe alpestris and Inocybe boreogodeyi on soil. Thailand, Russula banwatchanensis, Russula purpureoviridis and Russula lilacina on soil. Ukraine, Nectriella adonidis on overwintered stems of Adonis vernalis. USA, Microcyclus jacquiniae from living leaves of Jacquinia keyensis and Penicillium neoherquei from a minute mushroom sporocarp. Morphological and culture characteristics are supported by DNA barcodes.</p></div>
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Pedro W Crous) 06 Jan 2025
https://hal.science/hal-04867516v1
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[hal-04687176] Adonis, outil d'acquisition et de structuration de données issues d'expérimentations végétales à l'Inra
Initié par la Commission Nationale des Unités Expérimentales (CNUE), le projet Adonis (Acquisition de DONnéeS à l'Inra) a comme ambition de mettre à la disposition des expérimentateurs de terrain, un outil informatique permettant de fiabiliser l'acquisition des données et des métadonnées associées, de les organiser puis de les transférer vers des bases de données ou des chaînes d'analyses statistiques. Cet article qui est la suite d'une présentation réalisée lors des J2M 2006 fait le point sur l'état d'avancement de ce projet en cours de finalisation.<p>Mots clé : acquisition de données, métadonnées, expérimentation de terrain</p> <div>Contexte<p>Les unités de recherches (UR) et les unités expérimentales (UE) de l'Inra conduisent des expérimentations en milieux contrôlés (laboratoire, serre, pépinière, champ, verger, …) ou des observations en milieux naturels (forêt, …). Elles doivent donc acquérir, organiser et partager de façon fiable, des données quantitatives et/ou qualitatives, complétées par des métadonnées. À la suite d'une première journée d'information sur le thème de l'acquisition de données expérimentales, et après avoir vérifié qu'aucune solution commerciale ne répondait de façon satisfaisante aux besoins des expérimentateurs Inra, la CNUE (Commission Nationale des Unités Expérimentales) en partenariat avec les départements EA 5 , EFPA 6 , GAP 7 , SPE 8 et la DSI 9 1 UMR1114 EMMAH -Environnement méditerranéen et modélisation des agro-hydrosystèmes-INRA -a décidé de développer un outil informatique collectif d'acquisition de données dont l'acronyme Adonis signifie Acquisition de DONnéeS à l'Inra. Cet outil est en cours de développement et son déploiement à l'Inra est prévu pour la fin du premier semestre 2011.</p></div>
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Philippe Clastre) 04 Sep 2024
https://hal.science/hal-04687176v1
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[hal-02824251] Cahier des charges ADONIS, Acquisition de Données à l'INRA
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Philippe Clastre) 07 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02824251v1
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[hal-02821964] Adonis: un outil d'acquisition et de structuration de données issues d'expérimentations végétales à l'INRA
Initié par la CNUE (Commission Nationale des Unités Expérimentales), le projet Adonis (pour Acquisition de DONnéeS à l’Inra) a comme ambition de mettre à la disposition des expérimentateurs de terrain, un outil informatique permettant de fiabiliser l’acquisition des données et des métadonnées associées, de les organiser puis de les transférer vers des bases de données ou des chaines d’analyses statistiques. Cet article qui est la suite d’une présentation réalisée lors des J2M 2006 fait le point sur l’état d’avancement de ce projet en cours de finalisation.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Philippe Clastre) 06 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02821964v1
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[hal-04694539] Adonis, un outil INRA d'acquisition de données. Premier bilan de son déploiement
Adonis (Acquisition de DONnéeS à l'Inra) est un outil informatique INRA d'acquisition de données sur des plantes ou des ensembles de plantes repérées spatialement dans des dispositifs agronomiques (laboratoire, serre, champ, verger, forêt...). Le projet Adonis est piloté par la Commission nationale des unités expérimentales (CNUE) avec l'appui de quatre départements et de la Direction du système d'information (DSI). Il a pour ambition de mettre à disposition des expérimentateurs de terrain, un outil informatique permettant i) de fiabiliser l'acquisition de données, ii) de les organiser depuis la conception des dispositifs jusqu'à l'archivage des données saisies, iii) puis de les transférer vers d'autres outils pour leur exploitation. Adonis intègre de manière implicite une démarche d'assurance qualité en recherche (AQR) au profit de l'expérimentateur et des gestionnaires d'expérimentation. Après 2 ans et demi de développement, l'application est opérationnelle et disponible pour les Unités depuis le deuxième semestre 2012. Avec l'aide et le soutien de la Formation permanente nationale (FPN), le programme de formation élaboré a permis de former, en interne, 214 personnes depuis le début du déploiement. En 2014, il y a eu 465 connexions mensuelles, provenant d'une vingtaine d'Unités réparties sur 12 Centres INRA. Pour accompagner le déploiement d'Adonis, différents outils ont été mis en place (site de téléchargement, Mantis, forum) et sont disponibles pour la communauté des utilisateurs. Le réseau de référents Adonis, récemment constitué, permettra de faire le lien entre les utilisateurs et les animateurs-formateurs. Cette application est une opportunité pour les expérimentateurs, essentiellement dans le domaine du végétal, afin de fédérer au sein de l'INRA et de partager des méthodes ainsi que des techniques de travail.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Vincent Dumas) 11 Sep 2024
https://hal.science/hal-04694539v1
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[hal-03043802] Is rapid evolution of reproductive traits in Adonis annua consistent with pollinator decline?
Growing human footprint on the environment rapidly modifies the living conditions of natural populations. This could lead to phenotypic changes through both plasticity and evolution. Therefore, distinguishing the role of evolution in the phenotypic response to global change is a major challenge. In this study, we benefited from past and recent seeds from a population of the annual self-compatible weed Adonis annua. Seeds were sampled from the same locality at an 18 years interval and close to a region where reduction of bee pollinators’ density has been reported. We used a common garden experiment to investigate evolutionary changes, between the old (1992) and the recent (2010) sample, for some reproductive traits expected to be under selection in the context of climate warming and pollinator decline. Plants of the recent sample flowered earlier, had larger flowers, but also evolved a shorter floral longevity. The capacity of plants to reproduce autonomously (autonomous selfing) was similar in the two samples. These results are consistent with adaptation of flowering phenology to climate warming and in part consistent with the evolution of increased pollinator attraction under pollinator decline. Together with other recent studies, this study provides evidence that short-term evolution is a frequent phenomenon accompanying global change.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (M. Thomann) 07 Dec 2020
https://hal.science/hal-03043802v1
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[hal-03155453] Influence d'une alimentation avec une teneur accrue en fibres sur le microbiote intestinal du porc en croissance
This study compared the fecal microbiota of growing pigs fed a conventional diet (CO) or a diet with increased fiber content (F). For each animal, fecal microbiota were collected at sixteen weeks of age to sequence the V3-V4 region of the 16S RNA gene. Microbiota composition data were available for 752 Large White pigs fed the F diet and 812 full-siblings fed the CO diet, with a total of 14,366 identified Operational Taxonomic Units (OTUs) and 231 genera. Pigs fed the F diet had higher microbial diversity than pigs fed the CO diet according to the Shannon diversity index (P < 0.001). The genera Lactobacillus and Streptococcus, which belong to the Firmicutes phylum, were predominantly represented in the CO diet. Lactobacillus and Prevotella 9, which belong to the Firmicutes and Bacteroidetes phyla, respectively, were the genera predominantly represented in pigs fed the F diet. Differences in microbiota composition between diets were confirmed by an Adonis test (P < 0.001). The genera Ruminococcus 1, Lachnospira and Lachnoclostridium 12 discriminated most the individuals fed the two diets. Characterizing the diversity of the microbiota within and between the two diets is an important first step before assessing the role of gut microbiota on the variability in feed efficiency traits in various dietary contexts.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Vanille Déru) 08 Mar 2021
https://hal.science/hal-03155453v1
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[hal-01547271] Serum Gp96 is a chaperone of complement-C3 during graft-versus-host disease.
Better identification of severe acute graft-versus-host disease (GvHD) may improve the outcome of this life-threatening complication of allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. GvHD induces tissue damage and the release of damage-associated molecular pattern (DAMP) molecules. Here, we analyzed GvHD patients (n = 39) to show that serum heat shock protein glycoprotein 96 (Gp96) could be such a DAMP molecule. We demonstrate that serum Gp96 increases in gastrointestinal GvHD patients and its level correlates with disease severity. An increase in Gp96 serum level was also observed in a mouse model of acute GvHD. This model was used to identify complement C3 as a main partner of Gp96 in the serum. Our biolayer interferometry, yeast two-hybrid and in silico modeling data allowed us to determine that Gp96 binds to a complement C3 fragment encompassing amino acids 749-954, a functional complement C3 hot spot important for binding of different regulators. Accordingly, in vitro experiments with purified proteins demonstrate that Gp96 downregulates several complement C3 functions. Finally, experimental induction of GvHD in complement C3-deficient mice confirms the link between Gp96 and complement C3 in the serum and with the severity of the disease.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Antoine Seignez) 26 Jun 2017
https://u-bourgogne.hal.science/hal-01547271v1
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[hal-00347827] Density gradients of trans-synaptically labeled collicular neurons after injections of rabies virus in the lateral rectus muscle of the rhesus monkey.
We evaluated the two-dimensional distribution of superior colliculus (SC) neurons visualized after retrograde transneuronal transport of rabies virus injected into the lateral rectus muscle of rhesus monkeys to test whether the density of projection neurons might play a role in the spatiotemporal transformation and vector decomposition. If this were the case, the number of horizontal eye movement-related SC neurons should increase with their distance from the rostral pole of the SC and decrease with their distance from the representation of the horizontal meridian. Labeled neurons of the intermediate SC layers were counted inside a 1-mm-wide band that matched the horizontal meridian of the collicular motor map. Local areal densities were plotted against distance from the rostral SC pole. At 2.5 days after inoculation, there was no labeling in the SC. At 3 days, moderate labeling appeared on both sides, mostly in the intermediate layers. At 3.5 days, cell numbers substantially increased and the laminar distribution changed as cells appeared in the superficial SC layers. At 3 days, rostrocaudal density profiles were unimodal, with peaks at locations near 50 degrees (contralateral SC) and 25-30 degrees (ipsilateral SC) horizontal eccentricity. At 3.5 days, distributions were bimodal due to the appearance of a second high-density region near the rostral pole of the SC. The distribution of SC neurons influencing the abducens nucleus, thus, was nonuniform. Caudal sites contained more neurons, but the experimentally observed density gradients were shallower than the theoretically predicted ones that would be necessary to fully account for the spatiotemporal transformation. Similarly, we studied the distributions of cell densities in the intermediate SC layers along an isoamplitude line (representing saccades of equal amplitudes but different directions). Consistent with theoretical estimates of the density gradients required for vector decomposition, we found that the concentrations of labeled cells were highest in the vicinity of the horizontal meridian but their decrease toward the periphery of the motor map was steeper than predicted. We conclude that SC cell density gradients cannot fully account for the spatiotemporal transformation and vector decomposition in the absence of an additional mechanism such as the previously demonstrated (Grantyn et al., [1997] Soc. Neurosci. Abstr. 23:1295; Moschovakis et al., [1998] J. Neurosci. 18:10219-10229) locus-dependent weighting of the strength of efferent projections to the saccade generators.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Alexej Grantyn) 16 Dec 2008
https://hal.science/hal-00347827v1
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[hal-02798629] Adonis, un outil INRA d’acquisition de données, premier bilan de son déploiement
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Vincent Dumas) 05 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02798629v1
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[hal-02808003] Adonis, dans une démarche qualité.
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Audrey Jacques-Gustave) 06 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02808003v1
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[hal-02797469] ADONIS, Acquisition de données à l’INRA
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Vincent Dumas) 05 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02797469v1
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[hal-01173127] Modelling land use strategies to optimise crop production and protection of ecologically important weed species
There is a need to develop farming systems that enable both a satisfactory level of crop production and suitable environmental conditions for natural species. Wildlife-friendly cropping techniques, such as a reduced amount of applied herbicide or a lower crop density, might be adopted in order to maintain populations of weed species of biological interest. An alternative might be to adopt an intensive cropping system in a part of the field and spare the other part as set-aside or field margins, available for the natural development of plant species. The objective of this study was to present a method to compare two strategies for maintaining a desirable level of abundance of a given species of interest in agricultural areas, specifically (i) a strategy based on a wildlife-friendly cropping system in a large cultivated area and (ii) a strategy based on a more intensive cropping system in a reduced area of cultivation, i.e. with land-sparing. The principle is to calculate the ratio of crop production obtained with strategy (i) to the production obtained with strategy (ii) for a given target density of natural species. We show that the value of this ratio, and thus the relative performance of the two strategies, depends on the density of the weed species that can be maintained in an uncultivated ecological area. The method is applied in case studies of two plant species with contrasting ecology and conservation goals. The numerical results show that the strategy based on a wildlife-friendly cropping system is more profitable in most situations.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (David Makowski) 13 Aug 2019
https://hal.science/hal-01173127v1
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[hal-02961572] Contribution à l'évaluation de la valeur santé des métabolites secondaires : mise au point du test anthelminthique LFIA
Partout dans les régions intertropicales, le parasitisme gastro-intestinal par les strongles cause des pertes très importantes aux éleveurs de petits ruminants au pâturage (de 30 à plus de 50% du potentiel de production). L’usage systématique de médicaments antiparasitaires (anthelminthiques) a sélectionné des populations de parasites résistants. C’est le cas du parasite Haemonchus contortus nématode infestant les petits ruminants d’élevage. Dans le cadre de la recherche de molécules alternatives, plusieurs tests anthelminthiques in vitro sont réalisés. Ces tests visent à interrompre le cycle du parasite. Le test Larval Feeding Inhibition Assay (LFIA) a pour objectif d’interrompre le cycle en empêchant le parasite de se nourrir. Il s’agit d’observer la fluorescence des larves après ingestion d’une bactérie (Escherichia coli) marqué au FITC. L’objectif du stage est d’optimiser la méthode LFIA retrouvée dans la littérature, afin de le mettre en place au laboratoire de l’URZ. Les facteurs de variation choisis sont le temps d’incubation et le nombre de rinçages. Les résultats de cet essai préliminaire montrent : Que pour assurer une bonne qualité d’échantillon et un confort de lecture, un rinçage suffit avec une durée d’incubation entre 18h et 20h. De plus, une durée d’incubation de 21h augmente l’intensité de la fluorescence. Ce stage a constitué une première étape d’optimisation, qu’il convient de compléter par de nouvelles mises au point, notamment concernant la durée d’incubation à affiner et la centrifugation des larves à améliorer.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Ardety Adonis) 08 Oct 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02961572v1
